Los antecedentes datan del año 1844, con la petición del establecimiento de dos luces en la embocadura de la ría y facilitar el acceso marítimo a la misma. Se acepta la propuesta, aunque sin fondos para ejecutarla, y en 1858 se aprueba un proyecto conjunto para los faros de Ayamonte, Huelva e Isla Cristina. En 1861 se colocan, en el Cerro del Puntal, dos faroles de reflector con lámparas de aceite de oliva de luz blanca fija. En 1884 se decide construir un faro de 2º orden en el Picacho. Al quedar desierto el concurso dos veces, se propone un faro de estructura imposible en la Rábida: 64 m de altura y 0,9 m de diámetro interior que ni permite albergar un aparato de 2º orden ni acceder a la linterna. Por ello se reconsidera el faro del Picacho, finalizando su construcción en 1901. Inicialmente se le adapta el aparato de 2º orden retirado del faro de Cádiz, pero enseguida se cambia por otro de 3º orden, con apariencia de grupos de destellos blancos. En 1925 se instala un sistema de vapor de petróleo, y en 1931 se sustituye por uno autónomo de acetileno, con grupos de 2 y 4 destellos blancos cada 30''. Finalmente en 1952 se electrifica. Emplazado a unos 600 m de la orilla del mar, sobre una meseta arenosa que domina la margen derecha de la entrada a la barra de Huelva, está comunicado con una aceptable carretera que parte de Huelva, atraviesa la zona industrial y recorre la ribera del río. Los alrededores se han convertido en zona de expansión residencial de la ciudad y del vecino Palos de la Frontera.
